1、阴茎检查：阴茎是进行性生活使伴侣受孕的重要条件，男性阴茎发育不良、小阴茎、患有阴茎硬结症、包皮包茎等都属于生殖器官畸形，可能导致不育。
2、阴囊及腹股沟部位的检查：男性阴囊出现异常肿块或存在手术瘢痕可能影响男性不育。
3、睾丸附睾的检查：检查男性的睾丸位置、质地、大小等是否正常，是否患有鞘膜积液和精索静脉曲张等影响不育的疾病;针对附睾主要检查是否有附睾炎症、结核或先天性发育不良，以及输精管的梗阻和发育不良等。
4、实验室检查：当男性的外生殖器官没有异常时，就要考虑精液的问题。通过对精液的常规检查、生化检查，及染色体和内分泌的检查等判断精液是否存在死精无精畸形精子等影响生育的问题。